Algunas transmisiones genéticas parecen "desobedecer" las leyes de Mendel, pero no es así. Se trata de casos complejos que pueden explicarse mediante las reglas mendelianas, aunque las proporciones fenotípicas de la descendencia no son las usuales.
A continuación se analizan algunas de las aparentes anomalías conocidas explicables desde el mendelismo.
Alelismo múltiple
En ocasiones existen más de dos alelos para un carácter. Cuando hay tres, cuatro o más alelos, aparece un mayor número de genotipos posibles. Esto se conoce con el nombre de alelismo múltiple.
Por ejemplo, el color de los ojos de la mosca del vinagre Droshopila melanogaster o el grupo sanguineo humano AB0 esta determinado por varios alelos. No obstante, hay que indicar que un individuo sólo puede tener dos alelos.
También el color del pelo y de los conejos se debe a un alelismo múltiple
ver ejemplo de alelismo múltiple en conejos y gatos
Interacción génica
A veces, una pareja alélica influye en la expresión de los alelos de otra distinta. Por ejemplo, si un gen impide que se formen los pétalos de las flores de una planta, no se expresará ningún color de estas flores, independientemente de los alelos que tenga.
cresta en guisante

A-B-
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cresta en roseta

A-bb
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cresta en roseta

aaB-
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cresta aserrada

aabb
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Dos genes en sus diferentes combinaciones de alelos determinan la forma de la cresta de las gallinas
ver ejemplo de interacción génica
Genes letales
Se considera un gen letal aquel que cuando se expresa, provoca la muerte del individuo. Los genes letales modifican las proporciones fenotípicas y genotípicas usuales en la descendencia según las leyes de Mendel.

El gen letal en ratón de pelaje amarillo se expresa en homocigosis recesiva provocando la muerte del portador. Varían las proporciones fenotípicas de la F2 del cruzamiento de los híbridos (1/4:2/4:1/4) pues 1/4 no nace.
Así, la proporción que sale es 1/3 : 2/3.

Herencia cuantitativa, continua o poligénica
En algunos caracteres, existen muchas alternativas, es decir, existen muchos fenotipos que varían mínimamente entre si, existe una variación continua. Esto ocurre en caracteres como el color del pelo, de los ojos, la estatura o el color de la piel.
En la herencia cuantitativa intervienen varias parejas alélicas cuyos efectos son aditivos (se suman). El resultado final corresponde a la suma de los efectos de cada uno.
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Negro >>> AABB
Moreno >>> AABb, AaBB
Mulato >>> AAbb, AaBb, aaBB
Claro >>> Aabb, aaBb
Caucásico >> aabb
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